28/2/14

Buscar en PubMed (4): PubMed o CINAHL (Primera parte)



ecíamos en el anterior post que el uso que se suele hacer de PubMed es de lo que inmediatamente se ofrece en la pantalla principal. Son pocos los usuarios que manejan las búsquedas avanzadas, los filtros o los índices y aún hoy en día a muchos les resulta difícil utilizar los operadores booleanos, ya no digamos las etiquetas en las que se vertebra la indización de cada artículo. Cuando la experiencia no es buena o existe un riesgo de hacer un mal papel y el tema es comprometido, es cuando los usuarios no se contentan con los resultados que obtienen con una búsqueda simple.

El tema de hoy es el de intentar añadir otro factor a tener en cuenta y es el de la elección de la base de datos o de las bases de datos. Y es que PubMed no es la única base de datos bibliográfica para los profesionales de la salud. Para presentar el asunto añadimos a continuación dos capturas de pantalla con la misma búsqueda en dos bases de datos complementarias: PubMed y CINAHL (Cumulative Index to Nursing and Allied Health Literature). La frase con la que interrogamos las dos bases de datos es "parental stressor scale":



Como primera observación sobre los resultados (87 en PubMed y 46 en CINAHL) bastará por ahora decir que como ambas bases de datos los muestran cronológicamente del más reciente al más antiguo, salta a la vista que el primer artículo de CINAHL no lo encontramos en Pubmed. Buscamos la revista en el catálogo de la National Library of Medicine (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog/101234311) y observamos que el Journal of Nursing Research es una revista que se publica en Londres desde el año 2005 y que se indica "Not currently indexed for MEDLINE" (no indizada actualmente en MEDLINE), nota que nos advierte de que no está en la principal fuente de información de PubMed.  También podríamos añadir a este respecto que MEDLINE solo incluye 4600 revistas de 70 países, por lo que en algún momento se reconsideró el vaciado de esta revista inglesa.
En otros casos lo que suele ocurrir es que una revista que sí se indiza en MEDLINE se incluye en un plazo de tiempo superior al que emplearía CINAHL, que por empezar a avanzar en el tema, es más apropiada para búsquedas de Enfermería, profesiones paramédicas, Educación de pacientes, Ciencias de la conducta y Administración sanitaria. No es que MEDLINE no recoja documentos de las áreas mencionadas, es que no lo hace ni en exclusividad ni exhaustivamente.

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27/2/14

Buscar en PubMed (3): revistas de Enfermería

Me doy cuenta, al menos en mi entorno laboral presente, de que PubMed se utiliza de una forma superficial, sin aprovechar muchas veces todo su potencial. El diseño de la pantalla principal de PubMed se ajusta a la realidad y se limita a su pantalla de búsqueda rasa, de manera que para acceder a funciones más elaboradas hay que clicar el botón "Advanced".


Una de las funcionalidades que nos abre el botón Advanced es la posibilidad de ceñir nuestra búsqueda a un grupo determinado de revistas. Se puede por tanto ver en la captura de pantalla que sigue que dada una búsqueda cualquiera ("hip fractures") podemos limitarla a una de las "Journal categories" que aparecen en el menú de la izquierda, donde se muestran los filtros:


Las categorías que se muestran en este menú son 4: la de Core clinical journals, la de revistas de Odontología, MEDLINE, y la de revistas de Enfermería.
Core clinical journals es un grupo de unas 120 revistas clínicas y en inglés procedentes del desaparecido Abridged Index Medicus, cuyo último número se publicó en diciembre de 1997 pero que ha permanecido como subset de la base de datos electrónica.
MEDLINE es la principal fuente de datos de Pubmed y la principal base de datos de la National Library of Medicine para las disciplinas de la Medicina, la Enfermería, la Odontología y la Veterinaria, así también como de las ciencias preclínicas, la biología molecular y los cuidados de salud. MEDLINE contiene registros bibliográficos de unas 4.600 revistas de 70 países. Representa unos 12 millones de registros desde mediados de los sesenta hasta la actualidad.
Las revistas de Odontología son en la fecha de hoy un grupo de 870 revistas que abarcan la Odontopediatría, la Periodoncia y la Estomatología, además de la Odontología en general.
Si aplicamos el filtro "Nursing journals" a la búsqueda anterior veremos que los resultados pasan de ser 26.130 a ser 589:


Usuarios avanzados puede usar directamente en la ventana de búsqueda la siguiente expresión. Y la orden expresada "AND jsubsetn" siempre ejercerá esa función de cribado de artículos publicados en revistas de Enfermería.

hip fractures AND jsubsetn





Más funcionalidades


aber qué revistas constituyen el grupo de revistas de Enfermería representa un camino en varios pasos:
1) Partimos del botón "Advanced" del primer pantallazo que vimos.
2) A continuación desplegamos el desplegable "More resources",  que se encuentra en un menú horizontal en la parte superior de la pantalla. Allí está la pestaña "Journals in NCBI databases". 
3) Esta opción nos abre la pantalla llamada "NLM Catalog: Journals referenced in the NCBI Databases", en cuya parte superior encontramos un menú horizontal donde se encuentra el submenú desplegable "More resources" y 
4) La opción MEDLINE journals by broad subject terms", en cuyo listado aparece el enlace "Nursing", el cual nos devuelve un listado de 767 revistas de Enfermería
Esas revistas son las revistas en las que actuó el filtro que comentamos en la primera parte del post.


El tortuoso hilo de Ariadna para llegar a este punto no puede ser salvado con un mero enlace permanente, hasta donde yo sé. Pero se puede llegar prácticamente hasta el final mediante el siguiente url: http://wwwcf.nlm.nih.gov/serials/journals/index.cfm

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Hay que hacer la observación no menor de que hemos observado que algunas funcionalidades no funcionan con el navegador Chrome, pero sí con Mozilla Firefox.

23/2/14

Las tapaderas



a hace un tiempo dedicamos un post a Set desk y Katherine Hepburn como bibliotecaria referencista ante Spencer Tracy como optimizador informático de un sistema que apenas conoce. En la primer capítulo de The big sleep o El sueño eterno (Raymond Chandler, ) Carmen Sternwood le dice a Marlowe "Es usted muy alto", a lo que el detective contesta "Ha sido sin querer". En la versión inglesa leemos 'Tall, aren't you?' she said. A lo que Marlowe contesta: 'I apologize for growing.' En la adaptación para el guión cinematográfico (The big sleep, Howard Hawks,1946), en el que intervinieron dos guionistas más además de William Faulkner, Marlowe fue interpretado por Humphrey Bogart, que no era muy alto, de manera que el diálogo se resolvió de manera que Carmen Sternwood le dice a Marlowe nada más verlo llegar "¿No es usted muy alto, verdad?", a lo que Marlowe responde "Bueno, yo... hice lo que pude".
La frase de la versión cinematográfica me sorprendió. Y no porque fuera áspera, dado que son las primeras palabras que se cruzan el detective y la hija de su cliente, ya que toda la película está salpicada de estos duelos dialécticos. No, me sorprendió, porque Marlowe-Humphrey Bogart no era tampoco lo que se dice bajo, tanto como para hacérselo notar. Así que aquí, como en otras ocasiones, hay que ir al original para saber de donde viene el cuento.
***
Cuando Marlowe empieza investigar va a una librería de anticuario, Geiger's, pero antes entra en la Biblioteca Pública de Hollywood para buscar algún dato sobre primeras ediciones que le permita verificar si Geiger's es una tapadera o si Geiger's es realmente una librería. Marlowe devuelve el libro que ha consultado a la bibliotecaria referencista de la Biblioteca Pública de Hollywood y se establece uno de los duelos dialécticos que mencioné antes:
Bibliotecaria - ¿Ha encontrado lo que deseaba?
Detective - Sí, gracias.
Bibliotecaria - No parece usted un hombre interesado en primeras ediciones.
Detective - También hago colección de rubias.
La información que obtiene le permite verificar la solvencia de la librera de Geiger's, una tienda elegantísima medio vacía o medio llena. La librera -también eleganísima- lleva un gran broche en su vestido que representa al dios Shiva hindú danzando y cuando Marlowe le pregunta por un Ben-Hur de 1860 (Ben-Hur se publicó el 1880) no tiene los conocimientos para advertir la trampa, pero admitamos que tiene la intuición para sospechar. A continuación se va a la librería de enfrente, Acme, donde hay una librera de verdad y además intuitiva, con quien se acaban tomando un par de güisquis a puerta cerrada. 
Se dirá que estas escenas permitieron a Howard Hawks lucir a tres mujeres jóvenes y guapas (la bibliotecaria rubia y las dos libreras, la de tapadillo y la auténtica). La librera de Acme, en la presentación que les he preparado se quitará las gafas y se soltará la melena para tomar el güisqui, cosa que valida -por si alguien tiene alguna duda- que son unas escenas que despliegan el lado seductor del cine negro y, perdonen que lo vuelva a repetir, esas charlas breves, agudas, sutiles, ingeniosas, sagaces y un largo etcétera de sinónimos para la perspicacia. Entiendo la frase de la bibliotecaria ("No parece usted un hombre interesado en primeras ediciones") en esa dirección, No les recomiendo a las bibliotecarias ni al personal que atiende a los usuarios y a los lectores que muestren ese desparpajo o insolencia, pero está claro que aquí es un elemento de flirteo. Y hay que decir que hasta donde yo recuerdo el Marlowe de Chandler se fue derechito de casa del General Sternwood a la librería Geiger, y que la librera no nos resulta tan llamativamente guapa. La trama de la novela de Chandler es tan compleja que en la propia película no se aclaraban.
***
Estos meros apuntes nos darían para establecer la famosa distinción entre las novelas y sus guiones. Yo no sé de ningún caso al revés, de alguna película que originara una novela, pero eso no quiere decir que no exista. También nos darían para recurrir al eterno arquetipo de las mujeres de las profesiones asociadas al libro, con gafas. Ya vimos aquí el atractivo de las escenas de Clark Gable y Carole Lombard en No man of her own (Wesley Ruggles, 1934). También nos permitiría tratar el no menos recurrente tema de las falsas apariencias, por la cual Geiger no es un librero sino un gángster y aunque su librería sea muy aparente y elegante, tiene mucho más de librería auténtica el establecimiento de enfrente, que no es tan peripuesto.

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Wesley Ruggles, 1934
(Wesley Ruggles, 1934)
(Wesley Ruggles, 1934)).

21/2/14

Afiliación de los autores en PubMed

ubMed/Medline es una base de datos fiable, sin extravagancias, y sus cambios son mejoras consistentes y con valor. En octubre se anunció un cambio o mejora que afecta el campo de la afiliación de los autores (Authors affiliation). Hasta este año (2014) solo se incorporaban los datos de afiliación del primer autor. el dato, tal y como se explica en MEDLINE®/PubMed® Data Element (Field) Descriptions (*) se incorporó el año 1988 (MEDLINE) y para los autores de EEUU la información se editaba de manera bastante exhaustiva. El año 1996 se incorporaron las direcciones de correo-e del primer autor, pero eso siempre y cuando se mostrasen en la publicación indizada.
La novedad y la mejora es por tanto que si bien la National Library of Medicine dejó de editar el campo de la afiliación, pasó a incorporar todo cuanto le proporcionan los editores en un formato XML de volcado de datos de acuerdo con las especificaciones de la propia Biblioteca.
Una referencia que mostrábamos aquí en mayo se veía así:

A partir de 2014 se ve así:


Es decir, los usuarios de PubMed ahora vemos bajo el campo de los autores un enlace (Author Information) que muestra esa información. Ya que ahora se ofrecen todas las afiliaciones, cuando aparecen diversos autores de varios centros esto ya queda patente por el despliegue de números volados sobre sus nombres. Esos números remiten a sus filiaciones respectivas.
Todos los términos de la afiliación son recuperables en una búsqueda de toda la base de datos, sea el correo-e sea el centro.


Es evidente que el volcado XML contribuye a facilitar el proceso de indización de los artículos incluso en su etapa de pre-publicación. Kathi Canese, Jennifer Jentsch y Carol Myers ya explicaron en PubMed: The Bibliographic Database como los archivos XML  (***) son concordados a los estándares de la NLM. Cuando los registros bibliográficos se vuelcan en PubMed se les asigna la etiqueta de "Pubmed - as supplied by publisher". En una segunda etapa de verificación e indización esa etiqueta es cambiada por la de "Pubmed - in process" y finalmente, en la tercera etapa, reciben la etiqueta "Pubmed - indexed for Medline". Un detalle que suele verse en los manuales y divulgaciones de la NLM es que los ficheros que entran se ejecutan diariamente de lunes a viernes a las 9 de la mañana. A las nuevas citas el sistema les asigna un PMID (PubMed ID number), le envía una notificación al proveedor editor y las citas se hacen visibles en Pubmed a eso de las 11 de la mañana del día siguiente, de martes a sábado.
El hecho de que consten más centros que los del primer autor es indudablemente una gran mejora para quienes tienen que hacer valer su producción científica y demostrarla. Como contrapartida, el hecho de que tengamos en PubMed prepublicaciones o preprints hace que en las pantallas de resultados suelan aparecer entre los primeros artículos que en realidad aún no se han publicado, en el sentido más convencional del término. Los usuarios aún no están acostumbrados a la indicación "Epub ahead of print", que viene a indicar que el artículo aún no se ha publicado, y que solo tenemos acceso a la noticia de su publicación. 
____
(*) Consultado el 21 de febrero de 2014.
(**) Desambigüación: publishers.
(***) Precisamente el formato XML es uno de los que se ofrecen cuando hay que descargar registros (Menú Display, submenú File).


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